Sebbene storicamente associati alla città di Mombasa, in Kenya, originariamente i Mazrui (Ar. Mazru˓i) erano originari della regione di Rustaq dell'Oman. All'inizio del diciottesimo secolo, iniziarono a colonizzare la costa del Kenya e dell'isola di Pemba fino a quando, in totale, quattordici clan Mazrui vennero rappresentati nell'Africa orientale. I resoconti di Mazrui affermano che l'imam dell'Oman inviò Nasir bin ˓Abdallah Mazrui come suo rappresentante (liwali) a Mombasa subito dopo aver catturato Fort Jesus dai portoghesi nel 1698. Tuttavia, altre fonti suggeriscono che Nasir sia arrivato intorno al 1727.
Cominciando con Nasir, i Mazrui amministrarono Mombasa come sua principale famiglia regnante fino a quando il sultano Busaidi di Zanzibar, Sayyid Sa˓id bin Sultan, li sostituì con il suo rappresentante nel 1837. Complessivamente, i Mazrui fornirono a Mombasa una successione di undici liwalis, che terminò quando Sa˓id rapì e uccise Rashid bin Salim e ventiquattro anziani tribali. Nel 1741, Liwali Muhammad bin ˓Uthman Mazrui aveva rifiutato di riconoscere la tribù dei Busaidi come i nuovi imam dell'Oman. Ulteriori atti di sfida dei Mazrui danneggiarono i loro già poveri rapporti con i Busaidi, rendendo inevitabile un esito violento.
Molto rimane controverso sul governo Mazrui a Mombasa. Una storia Mazrui afferma di aver esercitato una vera padronanza sugli affari di Mombasa e che il loro dominio si estendeva su "la maggior parte del paese swahili". Tuttavia, un'attenta lettura di tutte le fonti disponibili indica che il loro governo era totalmente subordinato al sostegno e alle alleanze con i cittadini swahili di Mombasa e con i loro vicini di Mijikenda. La perdita di questo supporto nel 1835 portò rapidamente alla caduta di Mazrui. Le ambizioni imperialiste di ampliare la loro influenza attraverso l'interferenza negli affari dei vicini stati costieri come Tanga, Wasin e Pate furono risentite e spesso resistette. Inoltre, i Mazrui non solo consentirono un considerevole commercio di schiavi a Mombasa, ma molto probabilmente vi parteciparono. Negli anni successivi, come molti musulmani costieri, sfruttarono il lavoro degli schiavi nelle aree in cui si stabilirono intorno a Mombasa e Takaungu.
Anche se persero Mombasa, dopo il 1837 i Mazrui continuarono a resistere all'imperialismo dell'Oman e dell'Europa ea svolgere un ruolo significativo nella storia del Kenya. Per evitare la predominanza dei Busaidi a Mombasa, molti si trasferirono a Pemba, Gazi e Takaungu dopo il 1837. Uno, Mbaruk bin Rashid di Takaungu, non rese mai omaggio ai Busaidi, né riconobbe la loro sovranità sull'Africa orientale, e i tentativi di Busaidi negli anni 1850 e Gli anni 1870 per forzare la sua sottomissione furono entrambi fallimenti. La resistenza attiva terminò quando un'ultima, inutile rivolta Mazrui fu sconfitta dalle forze britanniche nel 1896, costringendo Mbaruk a terminare i suoi giorni esiliato in un altro possesso coloniale, l'Africa orientale tedesca.
Anche prima della sconfitta di Mbaruk, alcuni Mazrui avevano scoperto che la resistenza intellettuale era efficace. Originariamente musulmani ibaditi, come i Busaidi ei loro alleati dell'Oman, nel 1800 molti Mazrui si convertirono alla setta Shafi˓i prevalente nell'Africa orientale. Uno in particolare, ˓Abdallah b. ˓Ali, fece l'hajj e si convertì subito dopo il 1837. I suoi discendenti, incluso ˓Ali b. ˓Abdallah e al-Amin bin Ali Mazrui, divennero alcuni dei più influenti Shafi˓i Qadis in Kenya. Più recentemente, i rampolli di questa particolare famiglia hanno goduto di una notevole popolarità in Africa e negli Stati Uniti come educatori e modernizzatori delle istituzioni africane.