Pontificato: dal dicembre 897 o dal gennaio 898 al gennaio-aprile 900. Giovanni, un romano che era un monaco benedettino e fu ordinato sacerdote da papa formoso, fu eletto papa nonostante la forte opposizione di un candidato rivale, Sergio, vescovo di Caere (in seguito papa sergio iii), che era un leader del partito opposto a papa Formoso. Giovanni godette del sostegno dell'Imperatore Lamberto di spo leto in questa controversa elezione. In qualità di papa, la principale preoccupazione di Giovanni era di continuare lo sforzo iniziato dal suo predecessore, papa teodoro, volto a porre fine al conflitto che aveva dominato Roma dal processo a papa Formoso nell'897. Le questioni che causavano quel conflitto furono affrontate in due concili tenuti a Roma ea Ravenna nell'898; Lamberto di Spoleto, che era stato incoronato imperatore da Formoso, diede il suo appoggio a questo sforzo. Gli atti del consiglio che aveva processato il cadavere di Formoso furono annullati. Furono prese disposizioni per perdonare tutti coloro che avevano agito contro Formoso tranne Sergio e i suoi stretti seguaci, che furono deposti e scomunicati. Tutti gli atti di Formoso, comprese le sue ordinazioni, furono dichiarati validi con l'eccezione della sua incoronazione di Arnolfo di Germania come imperatore; tuttavia, la sua incoronazione di Lambert è stata convalidata. Confermato il divieto di trasferimento dei vescovi da una sede all'altra. Nel tentativo di regolarizzare le elezioni papali le disposizioni del Romani, dell'824 concordato tra papa eugenio ii e l'imperatore Lotario I fu ribadito. Questo accordo prevedeva che il papa fosse eletto dai cardinali vescovi e dal clero riuniti alla presenza del Senato e del popolo, ma richiedeva che la consacrazione di un nuovo papa eletto si tenesse alla presenza di un legato imperiale. Riconfermate anche le disposizioni del Romani, definire i diritti e le responsabilità sia del papa che dell'imperatore nel governo dello Stato Pontificio in termini che garantissero l'integrità territoriale e la limitata autonomia dello Stato Pontificio, riservando all'imperatore il diritto di intervenire negli affari interni dello Stato Pontificio nel interessi di mantenere l'ordine. In effetti, al fine di ottenere un efficace protettore per lo Stato Pontificio, Giovanni IX era disposto a tornare indietro nel tempo accettando un accordo a cui molti dei suoi predecessori avevano resistito.
Le preoccupazioni di Giovanni andavano oltre gli affari nello Stato Pontificio e in Italia. I suoi legati hanno svolto un ruolo decisivo in un concilio a Costantinopoli nell'899 che ha elaborato soluzioni alle ultime questioni irrisolte coinvolte nella lunga disputa incentrata sul patriarca fozio. Consentì anche una riconciliazione non solo tra Roma e Costantinopoli ma tra le fazioni in Oriente emerse dalla vicenda fotiana. Nel tentativo di riparare il danno arrecato all'insediamento missionario di Metodio in Moravia da ecclesiastici tedeschi rivali che cercavano di dominare quella terra, Giovanni IX ha risposto favorevolmente alla richiesta del sovrano della Moravia di creare un'organizzazione ecclesiastica indipendente per la Moravia. Fu chiamato a giudicare un'elezione episcopale contestata nel regno dei Franchi occidentali.
Ma queste azioni impallidirono di fronte alla crisi che stava emergendo in Italia. La speranza di Giovanni di aver trovato un affidabile protettore scomparve improvvisamente con la morte di Lamberto nell'898. L'Italia subì un caos crescente che coinvolse diversi fattori: rivalità di potenti principi, soprattutto Berengario del Friuli e Luigi di Provenza, per la regalità d'Italia e il titolo imperiale; Invasioni magiare del nord; Incursioni greche e saracene nel sud; gli sforzi dei potentati locali incontrollati da qualsiasi autorità superiore per ritagliarsi signorie private. Subito dopo la morte di Giovanni IX, le lotte partigiane tornarono al centro della scena, creando un'opportunità per un funzionario romano, Teofilatto, e la sua famiglia di prendere il controllo dell'ufficio papale e dello Stato pontificio.
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