Pontificato: dal 31 dicembre 532 all'8 maggio 535. La morte di Papa Bonifacio II fu seguita da una vacanza nel papato di due mesi, durante i quali tutti gli aspiranti tentarono di farsi strada nel papato. Quando fu finalmente eletto l'anziano sacerdote romano Mercurio, prese il nome di Giovanni II. Ritenne inappropriato mantenere Mercurio, il nome di una divinità pagana, e divenne così il primo papa a cambiare il suo nome. Ottenne dal re gotico Atalarico la conferma del decreto del Senato romano che vietava la simonia nelle elezioni papali. Questa è l'ultima nota senato di quel corpo ed era stato emanato alcuni anni prima. Il re ordinò che fosse incisa su marmo e collocata nell'atrio di San Pietro. Aggiunse una disposizione che se un'elezione contestata doveva essere deferita per arbitrato a Ravenna, il clero romano e il popolo dovevano essere multati 3 solidi, e l'importo sarebbe stato dato ai poveri.
In un decreto dogmatico che definisce la fede di Calcedonia, pubblicato nel 533 dopo una conferenza religiosa a Costantinopoli, l'imperatore Giustiniano i incorporò la formula teopaschita favorita dai monaci sciti, che aveva già inserito nella professione di fede trovata all'inizio del suo ottimo codice (528). I monaci "insonni" di Costantinopoli (Acoemeti), i principali oppositori tra gli ortodossi per usare la formula, si sentirono minacciati dagli atti dell'imperatore e si appellarono al papa. Giustiniano inviò il suo editto al papa, al Senato e al popolo romano, chiedendo che il papa approvasse la formula e condannasse i monaci recalcitranti, anche se papa Osmisda aveva rifiutato la formula.
Giovanni II tentò di persuadere i monaci ad abbandonare la loro opposizione, ma quando ciò fallì, li scomunicò come nestoriani (24 marzo 534). Scrisse all'imperatore informandolo del fatto e autorizzò l'uso della formula. La lettera dell'imperatore al papa, ripristinare l'onore (6 giugno 533), è stato incorporato nel Codice di Giustiniano insieme alla risposta del papa. Conteneva un linguaggio notevolmente deferente rispetto alla Sede Apostolica, riconosciuta come "il capo di tutte le Chiese". L'imperatore era ansioso di informarli di "tutto ciò che riguarda lo stato della Chiesa". Ha fatto riferimento all '"autorità della vostra sede", che ha affermato di essere ansioso di aumentare, e ha elogiato Roma come centro di unità e criterio dell'ortodossia. Questi commenti non erano incompatibili con la visione più ampia del primato romano intrattenuto a Bisanzio e in generale in Oriente, come dimostrarono gli eventi successivi. Giovanni II era in corrispondenza con san cesario di arles riguardo a Bp. Contumeliosus di Riez in Provenza, accusato di vari crimini. Il papa ha ordinato che fosse rinchiuso in un monastero. Papa Giovanni fu sepolto nel portico di San Pietro. Quattro delle sue lettere sono esistenti.
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[j. chapin]