Fonti tradizionali makassaresi riferiscono che ˓Ali (Shaykh) Yusuf nacque nel 1626 da una principessa delle Sulawesi meridionali e crebbe nel palazzo del re di Tallo. Ha studiato con alcuni dei più eminenti studiosi arabi musulmani a Sulawesi prima di viaggiare per continuare i suoi studi a Banten, Gujarat, Yemen, Mecca e Siria. A Damasco è stato inserito nell'ordine del sufismo Khalwatiyya, che ha lavorato per diffondere nel sud-est asiatico dopo il ritorno dal Medio Oriente.
Nel 1664 si stabilì a Banten dove insegnò varie branche delle scienze islamiche. Nel 1682 il figlio del sultano insorse contro l'autorità del padre con l'appoggio della Compagnia olandese delle Indie orientali. Shaykh Yusuf ha intrapreso una campagna di opposizione che ha perseguito per oltre un anno fino alla sua cattura da parte degli olandesi. Fu imprigionato a Batavia e successivamente esiliato in Sri Lanka, dove continuò il suo ruolo nel sostenere la resistenza contro gli olandesi tramite la corrispondenza con le comunità musulmane dell'Indonesia. Nel 1693 alcune di queste comunicazioni furono intercettate e fu quindi esiliato nuovamente al Capo di Buona Speranza. Vi giunse il 2 aprile 1694 e divenne una figura fondante della comunità musulmana in Sud Africa, dove rimase fino alla morte. Nel 1705 il sovrano di Makassar fece una petizione per il rimpatrio dei resti di Shaykh Yusuf, e oggi le sue tombe a Sulawesi e in Sud Africa rimangono centri di pellegrinaggio attivi. Dagli anni '1980 Shaykh Yusuf è diventato una figura sempre più popolare sia in Indonesia che in Sud Africa, dove Nelson Mandela lo ha salutato come un eroe nella storia delle lotte contro l'oppressione.